देश के शक्तिपीठो में से एक इसे महाशक्तिपीठ माना गया है। माता अपने भिन्न-भिन्न स्वरूपो में अनेक जगह पर निवास करती है। उसी स्वरूपों में से एक शक्तिपीठ इस कामाख्या के मंदिर के नाम से जाना जाता है।

देश के अन्य महाशक्तिपीठो में हिंगलाज की भवानी मां, कांगड़ा की ज्वालामुखी, सहारनपुर की शाकंभरी देवी, विंध्याचल की विद्यावासिनी देवी का समावेश होता है।

यह सारे महान शक्तिपीठ तंत्र, मंत्र, तथा योग और साधना के लिए सर्वोच्च स्थल है। ऐसा माना जाता है, की इन महान शक्तिपीठों में जो भी व्यक्ति 3 बार दर्शन कर ले उन्हे मोक्ष मिल जाता है।

पूर्वकाल के इतिहास के अनुसार भगवान विष्णु ने माता सती के अपने चक्र से 51 भाग किए थे, क्युकी वह भगवान शिव का मोह मां सती के प्रति भंग करना चाहते थे।

तब उनके 51 भाग जहा-जहा गिरे वह सब 51 शक्तिपीठों के नाम से जाने गए। और उस 51 भागो में से माता की योनि इस कामाख्या में गिरी थी। इसीलिए यह माता की योनि की पूजा भी की जाति है। माता की योनि होने के कारण यह माता रजस्वला भी होती है।

यहां पर हर महीने 3 दिन के लिए अंबुवाची मेला लगता है। मेले के इन तीन दिन के दौरान इसके पास से बहती हुई ब्रह्मपुत्र का पानी 3 दिन के लिए लाल रंग का हो जाता है। कहते है, की कामाख्या देवी के तीन दिन के मासिक धर्म के कारण इसका पानी तीन दिनों के लिए लाल रंग का होता है।

कामाख्या देवी मंदिर का रहस्य मान्यता है, की माता के तीन दिन के मासिक धर्म के दौरान मंदिर के अंदर सफेद रंग का कपड़ा रख दिया जाता है। और इस 3 दिन मंदिर को बंध रखते है।

तीन दिन बाद जब मंदिर को खोला जाता है, तब वह सफेद रंग का कपड़ा लाल रंग का हो जाता है। इस कपड़े को अंबुवाची वस्त्र कहा जाता है। और भक्तो को यह वस्त्र प्रसाद के रूप में दिया जाता है। इस तीन दिन बाद भक्तो की भीड़ लगी रहती है।

माता यहां पे सबकी मनोकामना पूर्ण करती है। भक्तजन अपनी इच्छा पूर्ण करने के लिए यहां कन्यापूजन करते है, तथा पशुओं की बलि देते है, और भंडारा भी लगाते है। यहां पर मादा पशु ओ की बलि नहीं दी जाती।